Napriek tomu, že cisár František I. v prvej polovici 19. storočia všestranne podporoval cirkevný život, čakali následníkov biskupa Tarkoviča na prešovskom stolci ťažké úlohy a veľa náročnej práce.
Prvým pokračovateľom v započatom diele bol biskup Jozef Gaganec.
Biskup Jozef Gaganec sa narodil 10. apríla 1793 vo Vyšnom Tvarožci. Po štúdiách teológie v Trnave bol dňa 8.marca 1817 vysvätený za kňaza. V roku 1835 sa stáva prešovským kanonikom, po smrti Gregora Tarkoviča kapitulárnym vikárom a dňa 3.februára 1842 prešovským biskupom. V roku 1868 ho Svätý Otec Pius IX. vymenoval za asistenta pápežského trónu. Zomrel 22.decembra 1875, pochovaný je na prešovskom mestskom cintoríne.
V roku 1846 boli veľké suchá a o rok neskôr vypukla cholerová epidémia, v dôsledku čoho poklesol počet veriacich biskupstva. Biskup Gaganec sa zaslúžil o prestavbu biskupskej rezidencie a prispôsobenie katedrály potrebám východného obradu. Katedrálny chrám dostal nový ikonostas, zvýšenú vežu s hodinami a novú strechu. Pod jeho vedením bolo vo farnostiach biskupstva postavených 24 nových murovaných chrámov. Veľa úsilia venoval aj kultúrnemu rozvoju a výchove, založil niekoľko spolkov a farských škôl.
Po náhlej smrti biskupa Gaganca sa o necelé štyri mesiace stáva jeho nástupcom mukačevský kanonik Dr. Mikuláš Tóth.
Biskup Dr. Mikuláš Tóth sa narodil 10.augusta 1833 v Mukačeve. Bohoslovecké štúdium ukončil v Budapešti. Dňa 18.decembra 1857 bol vysvätený za kňaza, v roku 1860 získal doktorát teológie, v roku 1873 sa stáva mukačevským kanonikom a rektorom seminára v Užhorode. Dňa 3.apríla 1876 ho pápež Pius IX. vymenoval za prešovského sídelného biskupa. Zomrel náhle 21.mája 1882 a bol pochovaný v krypte katedrálneho chrámu.
Ako univerzitný profesor sa nový biskup na prešovskom stolci najviac zaujímal o rozvoj školstva. V roku 1880 založil bohoslovecký seminár, ale venoval sa aj mládeži, sirotám a chudobným. Úspešne odolával maďarizačným tlakom a počas jeho pôsobenia bol zrenovovaný interiér katedrály.
Prvú vysokú školu pre kňazov Prešovského biskupstva založil biskup Tóth v roku 1880 pod názvom Bohoslovecká akadémia v Prešove. Pod neskorším názvom Vysoká škola bohoslovecká sa tu vyučovalo až do osudného roku 1950, keď bola škola zrušená. Obnovená bola v roku 1990 ako Gréckokatolícka bohoslovecká fakulta, ktorá je dnes súčasťou Prešovskej univerzity.
Budova kňazského seminára v Prešove bola postavená na podnet biskupa Gojdiča v roku 1933 pre potreby dievčenského sirotinca. Činnosť seminára bola v nej obnovená v roku 1990, v roku 1997 bola ukončená jej rozsiahla prestavba.
Obľúbený námet posledného súdu z roku 1789, namaľovaný neznámym ľudovým umelcom temperou na plátne, zo zbierok galérie Dezidera Millyho vo Svidníku.
Chrám Zosnutia Presvätej Bohorodičky s pôdorysom v tvare gréckeho kríža v Chmeľovej postavili v roku 1827.
Revolučný rok 1848 okrem poddanstva odstránil v Uhorsku aj systém štátneho cirkevníctva. Toto spolu s rakúsko-uhorským vyrovnaním v roku 1867 a liberálnymi zákonmi prijatými v druhej polovici 19.storočia, poznamenalo aj život gréckokatolíkov Prešovského biskupstva. Väčšina z nich žila v ťažkých podmienkach vtedajšieho vidieka. Pritom keď si chceli zachovať svoj východný obrad, museli tvrdo odolávať stále silnejúcej maďarizácii, ale aj neustálym snahám o ich latinizáciu. S pomocou svojich kňazov a vedenia biskupstva sa im to až prekvapivo dobre darilo.
Prispel k tomu aj v poradí štvrtý biskup na prešovskom stolci Dr. Ján Vályi, ktorý hoci pochádzal z Maďarska, nepodľahol politike maďarizácie a zastával predovšetkým záujmy a potreby svojich veriacich.
Biskup Dr. Ján Vályi sa narodil 22.septembra 1837 v Ővencselö v Maďarsku. Bohoslovecké štúdiá absolvoval v Užhorode a vo Viedni, kde v roku 1869 získal doktorát. Za kňaza bol vysvätený 26.októbra 1865. Bol kaplánom, prefektom seminára v Užhorode, v roku 1878 sa stáva kanonikom Mukačevskej eparchie. Dňa 11.októbra 1882 bol vymenovaný za nástupcu Dr. Mikuláša Tótha a 20.mája 1883 vysvätený za biskupa. Zomrel 11.novembra 1911 v Prešove, pochovaný je v krypte katedrálneho chrámu.
S jeho pôsobením okrem kultúrneho povznášania kňazov i veriacich je spojené dokončenie budovy seminára, postavenie učiteľského ústavu aj výzdoba interiéru i exteriéru katedrálneho chrámu, pre ktorý zadovážil dva nové zvony. Všemožne pomáhal chudobným i sirotám a na povznesenie duchovnej úrovne diecézy zakladal a podporoval rôzne ustanovizne. Po smrti biskupa Vályiho ostal prešovský biskupský stolec vyše dva roky prázdny a správa biskupstva bola zverená kanonikovi Jurajovi Répássymu.
Ďalší sídelný biskup Dr. Štefan Novák bol do vedenia eparchie vymenovaný až 20. novembra 1913.
Biskup Dr. Štefan Novák sa narodil 4.decembra 1879 v Ubli. Bohoslovecké štúdium v Ostrihome a vo Viedni ukončil doktorátom teológie a 9.januára 1905 bol vysvätený za kňaza. Za biskupa bol vysvätený v Užhorode 11. januára 1914. Zomrel 16.septembra 1932 v Budapešti a tam je aj pochovaný
Na prešovský stolec nastúpil v období najsilnejšej maďarizácie, ktorú na rozdiel od svojich predchodcov aktívne podporoval napriek tomu, že mal rusínsky pôvod. Zavádzal maďarský jazyk do cirkevných škôl, na jeho príkaz sa pomaďarčovali aj cirkevné obrady a cyrilika bola nahrádzaná latinkou. Maďarizačné snahy biskupa Nováka sa však v roku 1918 zrútili spolu s monarchiou bez výraznejších úspechov, on sám natrvalo odchádza do Maďarska. Od roku 1920 ho Svätá stolica zbavuje vedenia biskupstva.
V kaplnke seminára sa študenti pripravujú na svoje budúce kňazské povolanie.
Poslucháči počas prednášky v aule bohosloveckej fakulty.
