Začala sa nová vývojová etapa Prešovského biskupstva, v ktorej sa konečne mohla počas takmer štyroch desaťročí potláčaná duchovná iniciatíva naplno rozvinúť.
Už v decembri 1989 bol dovtedajší ordinár Ján Hirka vymenovaný za prešovského sídelného biskupa. V apríli 1990 boli vrátené katedrála a biskupská rezidencia, začalo sa s rekonštrukciou mnohých schátraných, ale aj so stavbou nových cirkevných objektov. Zákonným opatrením Predsedníctva SNR č. 211/1990 Zb. zo dňa 29. mája 1990 boli vrátené vlastnícke práva na objekty odobrané gréckokatolíkom v roku 1950 a začal sa proces majetkového vyrovnania s pravoslávnou cirkvou. Obnovila sa činnosť Spolku sv. Cyrila a Metoda a diecéznej charity. Pre vzdelávanie nových duchovných obnovila svoju činnosť gréckokatolícka bohoslovecká fakulta ako súčasť terajšej Prešovskej univerzity, otvorené boli nové cirkevné školy. Dňa 11. januára 1992 vymenoval pápež Ján Pavol II. Mons. Milana Chautura CSsR za pomocného biskupa Prešovskej diecézy. Vysvätil ho prešovský diecézny biskup Mons. Ján Hirka 29. februára 1992. Cirkevný život sa v priebehu niekoľkých slobodných rokov naplno rozvinul vo všetkých oblastiach.
Najvýznamnejšou udalosťou v celej histórii biskupstva bola návšteva Svätého Otca Jána Pavla II. V rámci svojej už druhej pastoračnej návštevy Slovenska zavítal 2. júla 1995 aj do Prešova, kde prišiel osobne poďakovať gréckokatolíkom za vernosť Rímu, za obete a utrpenie, ktoré pre ňu museli podstúpiť. V katedrále si uctil pamiatku biskupa-mučeníka Pavla Petra Gojdiča, spolu s evanjelickým biskupom Jánom Midriakom a o. biskupom Jánom Hirkom sa pomodlil pri pamätníku obetí prešovských jatiek, nakoniec sa pred Mestskou halou s asi 250 tisícami nadšených veriacich.
Návšteva pápeža Jána Pavla II. bola najväčšou odmenou kňazom aj veriacim Prešovského biskupstva za príkoria, ktoré museli znášať v rokoch poroby
Šesť najvýznamnejších zborov biskupstva sa spojilo do vyše 300-členného zmiešaného zboru, v podaní ktorého zaznela na záver stretnutia nádherná východná modlitba akatist
Biskup Mons. Ján Hirka sa zdraví so Svätým Otcom počas jeho prešovskej návštevy
Ani nepriazeň počasia neodradila nadšených účastníkov stretnutia so Svätým Otcom
Ani nepriazeň počasia neodradila nadšených účastníkov stretnutia so Svätým Otcom
Ešte dlho po odchode Svätého Otca rozradostená mládež prežívala veľkoleposť tejto návštevy
V rámci organizačných zmien bol v súvislosti s rozdelením Československa od januára 1993 zriadený biskupský vikariát pre Českú republiku v Prahe. Ten bol v roku 1996 povýšený na exarchát pod správou biskupa Mons. Ivana Ljavinca. Ďalšou zmenou súvisiacou s novým administratívnym členením Slovenska bolo vytvorenie Košického apoštolského exarchátu od 21. februára 1997, do ktorého boli začlenené doterajšie farnosti Prešovského biskupstva ležiace na území Košického kraja. Za prvého exarchu vymenovala Svätá stolica biskupa Mons. Milana Chautura CSsR.
Na vývojovej ceste Prešovského biskupstva sa striedali obdobia rozkvetu a prosperity s ťažkými časmi útlaku a násilia. Od čias svätých vierozvestov Cyrila a Metoda veriaci aj ich duchovní na jej území neochvejne nasledovali túto kresťanskú náboženskú tradíciu. Ostali verní Svätej stolici v Ríme, pritom si udržiavali a rozvíjali svoj krásny východný obrad. Ďalšia nádejná budúcnosť Prešovského biskupstva je v pokračovaní po tejto stáročiami overenej ceste, po ceste viery v Boha a vernosti odkazu svojich predkov.
Nech je budúcnosť Prešovského biskupstva prežiarená svetlami pohody, šťastia a božieho požehnania.
